Das Stadtwappen
Die jahrhundertelange gemeinsame Geschichte mit der Stadt Freising hat in Waidhofen viele Spuren hinterlassen. Nicht nur Straßennamen deuten auf die Beziehung zur bayrischen Stadt hin, sondern auch der Freisinger Mohr im Wappen Waidhofens. 
Nach vielen Interpretationsversuchen über die Herkunft des Mohrenmotivs stammt es nach letzter historischer Untersuchung aus der Apostelgeschichte. Der Kämmerer der äthiopischen Königin Kandake wurde darin vom Apostel Philippus zum Christentum bekehrt und damit zum Symbol für die geistlichen Seelsorgeaufgaben der Bischöfe in ihren Grundherrschaften, während die Darstellung mit Krone die weltliche Macht der Bischöfe von Freising über ihre Besitzungen symbolisiert.
Zum ersten Mal wurde das Mohrenwappen von Bischof Emicho (1283 -1311) 
als Siegel auf einer Urkunde von 1284 verwendet. Der nach rechts 
blickende Mohrenkopf ist die älteste  Profildarstellung eines Mohren in 
der Heraldik. Das Wappen steht für die Herrschaftsansprüche der 
Fürstbischöfe auf ihre weltlichen Herrschaftsgebiete. Daher ist es 
logisch, dass das Mohrenkopfwappen auch für die grundherrschaftlichen 
Gebiete Freisings in den habsburgischen Ländern verwendet wurde.
Wappenbeschreibung:
Das Wappen der Stadt Waidhofen an der Ybbs zeigt
 in dem blauem Feld über einem grünen Dreiberg eine silberne zinnenbekrönte 
Stadtmauer mit (heraldisch) offenem Tor, hochgezogenem Fallgitter, 
überragt von zwei dahinterstehenden silbernen Stadttürmen mit roten 
Dächern; zwischen den Stadttürmen über dem Tor ein mit einer goldenen 
dreizackigen Krone bekrönter (heraldisch) rechtsstehender Mohrenkopf.